亲子鉴定中排除亲子关系可以归纳为以下两种情况：①孩子带有母亲和AF（假设父亲）双方都没有的一个基因。②孩子没有AF（假设父亲）必定要传递给其后代的一个基因。

在大多数的亲子鉴定案例中，一般已知母亲是孩子的生母，问题是要鉴定父亲是否为孩子的生父。如果母亲不带有孩子的某些基因，那么可推断这些基因一定来自生父。根据遗传规律，排除父子关系有四种类型（见表）。前两类被称为直接排出；后两类是根据阴性反应结果检出纯合子，称为间接排除。第1类中，孩子带有VWA等位基因14，因为母亲并无VWA等位基因14，所以VWA14一定来自生父，而AF无VWA14，故被排除。第2类中，AF带有D20S161位基因17和20，所以他的亲生孩子必定带有D20S161等位基因17或20，而孩子D20S161等位基因为15和18，故也可以排除AF为生父。第3类中孩子为Rh血型中的R抗原纯合子，说明有一个E基因来自生父，而AF并无E抗原，故被排除。第4类，AF为MN血性中的MM纯合子，理应在孩子中出现M抗原，而孩子并无M抗原，AF也被排除。第1、2两种父权否定，是用实验方法检查有无某种遗传标记，称为直接法，除极少数例外，结果比较可靠。第3、4两种基于试验结果阴性，推断为纯合子，称为间接法，下结论时应该慎重。阴性结果应该在不同实验室重复实验。原则上基因型需作家系调查，方能确定。必要时，可作附加实验，检测其他遗传标记。直接法至少应根据两个以上遗传标记否定父权，间接法否定父权的遗传标记数量应该更多一些。

亲子鉴定中排除父子关系的类型